试管婴儿胚胎着床失败的原因是什么，一直是治疗不孕症的医生、生殖医学科学家及不孕相关从业人员极想知道及探讨的问题。经过不孕症医生及生殖科学家的研究，胚胎着床失败的原因可归纳于下列几种：
一、子宫内膜环境：
此又可分为几个原因所引起
子宫构造异常，如：子宫先天发育畸形（双角子宫、子宫腔有中隔）、子宫内膜息肉、子宫内膜炎和子宫腔内肌瘤。子宫肌瘤如果是长在子宫肌层，离子宫腔内膜一公分以上，并且肌瘤大小不超过5公分则不会影响试管婴儿助孕的怀孕率。
子宫内膜薄：曾经因流产做过子宫搔刮术、月经不正常（持续月经来潮）或血液循环不好，都会造成子宫内膜薄。到底子宫内膜厚度要达到多少才能让胚胎着床成功？到目前为止，尚无定论。但子宫内膜厚比薄怀孕率高是不争的事实。
子宫腔持续积水：输卵管水肿及不通会造成子宫腔积水，这是因为输卵管的积水因输卵管伞部（尾端）阻塞，造成输卵管内的积水往子宫腔流之故。持续性的子宫腔 积水会造成胚胎着床失败。但多囊性卵巢症患者她们在接受排卵药物刺激之后，偶尔也会引起子宫腔积水，但不会造成着床不易（失败）的问题。
子宫内膜细胞分泌的黏着蛋白的品质不好或是量不足或是子宫腔内某种细胞素的量太多或太少，都会影响胚胎的着床成功与否。像一种蛋白质称ανβ3，在胚胎着床期（排卵后六天）前后，子宫内膜细胞会制造并释出。如果在胚胎着床期，这种蛋白质制造或释出少，会引起胚胎着床失败。细胞素，像间白素1β（Interleukin(IL）-1β)太高或干扰素-γ（Interferon-γ）太低也会引起胚胎着床失败。
有自体免疫疾病或有血栓形成体质和习惯性流产有关是不争的事实，但和胚胎重复着床失败是否有关联，目前还没有定论。像抗磷脂类综合征是一种自体免疫反应疾 病，即自身的免疫细胞对身体细胞膜或任何微小器官上的膜磷类化学物质产生抗体，然后经由抗原抗体反应破坏细胞组织。抗磷脂类综合征和习惯性流产有关，但与胚胎着床失败的关系则有待确定。
二、胚胎质量：
夫妻染色体有异常会影响胚胎的发育，使胚胎长到某一阶段即会停止生长。妻子患有染色体异常，像染色体平衡对调、嵌合型染色体、染色体反向转位、染色体缺 失、染色体断裂（尤其是断裂在染色体中央节部位时，即使年轻妇女做试管婴儿重复失败的机会也会较高）。有些精虫稀少活动力不好的患者，将他们的精虫做荧光抗体杂交检查精虫染色体数目是否正常，发现他们的精虫染色体数目异常的比例会比精虫数量正常及活动力正常者为高。这类夫妻做试管婴儿（因精虫品质不好通常 须再配合做单一精虫卵细胞质注射）通常会有较高的失败率（因精虫染色体异常率较高之故）。
（1997）和Pehlivan（2003）利用荧光杂交法检验胚胎内取出的细胞中的染色体第13、第16、第18、第22对和X及Y染色体发现，试管婴儿助孕重复着床失败的案例被检验出有这些染色体数目不正常（只要其中一个不正常即算）的占54% ～57%，而着床成功的案例其染色体数目不正常则只占36%。Voullaire（2002）利用比较性基因组荧光检验法（comparative genomic hybridization , CGH）发现重复试管婴儿助孕失败的案例，胚胎染色体异常的比例高达60%，所以很多植入子宫内的胚胎着床失败是因为胚胎本身染色体异常所致。这些染色体异常的胚胎有时外表看起来细胞大小正常、分裂速度也正常且在胚胎分级上是属于一级或二级的优良胚胎。受术妇女年龄越大，胚胎不正常的机会也越大。
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